摘要: 在转录组基础上批量开发地黄特异EST-SSR标记序列,同时通过优化DNA模板浓度、引物浓度、dNTP浓度、Taq酶浓度,结合正交优化试验建立地黄EST-SSR的PCR最佳扩增体系,为进一步鉴定和开发地黄多态性SSR提供重要的基础资料.结果表明:在地黄87 665条转录本序列中,共筛选了1 812条不小于18 bp的SSR序列,其中二核苷酸数量最多,共有721个(70.8％),其次为三核苷酸和六核苷酸,分别有486、578个.而在所有SSR类型中AG/CT(457个)为最多的重复类型,其次为AC/GT(256个).EST-SSR体系优化结果表明:最佳反应体系为15 μL体系中含80 ng模板DNA、0.1 μmol/L引物、150 μmol/L dNTPs和1.5 UTaq DNA聚合酶,在退火温度55℃进行30个循环.